Seperti yang sudah dibahas sebelumnya mengenai Masjid Jami Merdeka, hal tersebut sama juga dengan fungsi Masjid Al Ishlah sebagai tempat peribadatan umat Islam di Papua khususnya di Manokwari. Masjid merupakan salah satu rumah Allah yang selalu siap menerima umatnya untuk mau beribadah dan menyampaikan keluh kesahnya hanya kepada Allah. Sehingga Anda akan memiliki keyakinan bahwa Allah lah satu-satunya zat yang mampu menolong Kita sebagai hamba-Nya dari kesulitan dan juga kekurangan yang Kita miliki sebagai manusia.
Selain untuk tempat mengadu kepada Allah secara hikmat dan khusyuk, fungsi Masjid Al Ishlah ini pun banyak digunakan untuk belajar mengaji maupun tata cara umat Islam beribadah khususnya bagi anak-anak untuk mendapatkan ilmu yang bermanfaat secara agama. Namun begitu, Masjid Al Ishlah ini pun dapat memberikan ilmu kepada orang-orang dewasa pula. Dimana sistem pengajarannya yaitu dengan mengadakan pengajian rutin dan juga adanya tausiah yang mengajarkan kepada Anda untuk menjalani kehidupan sesuai dengan norma agama.
Setelah Anda mendapatkan pelajaran akan ilmu agama, di Masjid Al Ishlah inipun Anda akan menemukan keindahan bangunan masjid yang terlihat sederhana namun mampu menjadi tempat berlindung yang tepat di saat Anda mengalami kesulitan dan butuh bantuan dari Allah secara spiritual.