Salah satu pelabuhan yang paling sibuk di Kalimantan Barat adalah Pelabuhan Pontianak, yang merupakan pelabuhan dengan arus peti kemas padat, hanya berada di bawah Pelabuhan Tanjung Priok, Jakarta. Dengan kesibukan tersebut, maka bisa dibilang pelabuhan ini telah menjadi salah satu urat nadi perekonomian paling penting yang ada di Pontianak dan Provinsi Kalimantan Barat secara keseluruhan.
Pelabuhan Pontianak berada di tepi Sungai Kapuas, dan menjadi titik yang menghubungkan lebih dari 146.800 km2 area di Provinsi Kalimantan Barat. Fasilitas yang ada di dalamnya telah dirancang untuk mengatasi berbagai kegiatan ekonomi yang ada, seperti fasilitas pelayanan kapal dengan dermaga yang ada di Pontianak, Nipah Kuning, Sintete, dan Ketapang. Untuk fasilitas pelayanan barang, tersedia lapangan penumpukan seluas 92.998 m2 dan juga gudang dengan luas 7.521 m2. Bagi penumpang tersedia masing-masing 1 unit kapal di Pontianak, Sintete, dan Ketapang. Terdapat juga berbagai peralatan mekanis yang modern untuk mendukung segala kegiatan perekonomian dan arus perdagangan yang terus masuk dan keluar dari pelabuhan ini.
Bagi Anda yang hendak menggunakan transportasi laut untuk berkunjung dari satu tempat ke tempat lain di sekitar daerah ini, maka akan dikenakan biaya sekitar Rp200.000,00 hingga Rp300.000,00 untuk kapal penumpang. Bagi mereka yang hendak berkunjung ke Pontianak melalui jalur laut, maka pelabuhan yang melayani jalur ini adalah Tanjung Priok Jakarta, Tanjung Mas Semarang, dan Tanjung Perak Surabaya.