Sebagai salah satu negara tetangga terdekat dengan Indonesia, hubungan bilateral yang dijalin oleh kedua negara ini berjalan dengan cukup baik. Oleh karena itu, Filipina membuka kedutaan besar yang berlokasi di Menteng. Selain kantor Kedutaan Besar, ada juga konsulat yang terletak di Manado dan Surabaya.
Untuk pengurusan visa, biaya yang diterapkan cukup beragam. Kunjungan sementara bersifat wisata/bisnis. kesehatan tidak lebih dari 30 hari dikenakan biaya Rp 390.000 untuk single entry yang berlaku 3 bulan, Rp 780.000 untuk multiple entry berlaku 6 bulan, dan Rp 1.170.000 untuk multiple entry berlaku 1 tahun. Untuk keperluan visa lainnya seperti seaman visa biaya individu sebesar Rp 260.000. Untuk kru kapal tidak lebih dari 40 orang biayanya sebesar Rp 1.300.000, kru sejumlah 40 orang sampai dengan 100 orang biayanya sebesar Rp 1.950.000, dan kru berjumlah 101 sampai dengan 200 orang biaya visa yang dikenakan sebesar Rp 2.600.000.
Layanan lain yang disediakan oleh kantor Kedutaan Besar Filipina adalah pembuatan paspor untuk WN Filipina tentunya. Selain semua layanan tersebut, ada juga layanan untuk WN Filipina seperti laporan kelahiran, kematian, dan pernikahan. Untuk WN Filipina, dapat mendaftarkan dirinya ke website Kedutaan Besar Filipina.
Kedutaan Besar Filipina buka setiap hari kerja mulai pukul 9.00 hingga 16.00.